აჭარის ძალზე საინტერესო გეოგრაფიულ რელიეფს ქმნის მესხეთის, არსიანისა და შავშეთის ქედები, რომელთა საშუალო სიმაღლე ზღვის დონიდან 2000-2500 მ.-ია.

აჭარის უმაღლესი მწვერვალია ყანლის მთა (ზღ. დ. 3007 მ.), რომელიც არსიანის ქედზეა განლაგებული; ამავე ქედზეა გოდერძის ულამაზესი უღელტეხილი (ზღ. დ. 2027 მ).

მთიანი აჭარის როგორც ფოთლოვანი, ისე წიწვოვანი ტყეები ატყვევებს მნახველს. მთის კალთას შეფენილი ტანმაგარი ხეები უნიკალურ სანახაობას წარმოადგენს. ტყეში ბევრია გარეული ცხოველი და ფრინველი. ფრინველები განსაკუთრებული თემაა აჭარისათვის, რადგან იგი ფრინველების მიგრაციის რუკაზეა დატანილი. შესაბამისად, წელიწადში ორჯერ აჭარაში შესაძლებელია ფრინველთა სხვადასხვა სახეობის გადაფრენას ვადევნოთ თვალყური.

აჭარაში 3 დაცული ტერიტორიაა, რომელიც რეგიონის 15% პროცენტს შეადგენს. მტირალას ეროვნული პარკი, კინტრიშისა და ქობულეთის დაცული ტერიტორიები.

აჭარაში სამი დაცული ტერიტორიაა. ქობულეთის დაბლობში შავი ზღვის სანაპიროდან 300 მეტრის დაშორებით მდებარე სახელმწიფო ნაკრძალი, უნიკალური ისპანის ხავსიანი ტორფნარები და მთის კინტრიშის ნაკრძალი.

ისპანი II მსოფლიოში პირველი უნიკალური პერკოლაციური (შეღწევადი) სფაგნუმიანი ხელუხლებელი ჭაობია, სადაც წყლის დანაკარგი მხოლოდ აორთქლებით ხორციელდება. საოცარი ჭაობია, თითქოს ტბაა ნიადაგის ზედაპირის ზემოთ. თბას კი ზემოდან საბანივით ახურავს 25-45 სმ სისქის ცოცხალი სფაგნუმი, რომელიც არასოდეს არ იფარება წყლით. ტორფზე მოზარდი მცენარეები (ჩრდილოეთის ისლი, კავკასიის და თეთრი რინხოსპორა) დიდ როლს თამაშობენ ჰიდროლოგიურ რეჟიმში. პაპანაქება ზაფხულში ამცირებენ აორთქლების პროცესს და იცავენ ხავსს გამოშრობისაგან. გუმბათის ზედაპირი სრულიად გლუვია, ყოველგვარი ბორცვაკების გარეშე. დომინანტობს სპჰაგნუმ იმბრიცატუმ –ეს მსოფლიოში იშვიათი და გარემოს დაბინძურებისადმი ყველაზე მეტად მგრძნობიარე ტორფის ხავსის სახეობა. ჭაობი საზრდოობს მხოლოდ წვიმის წყლით. ჭყალი სფაგნუმთან ერთად ქმნის გუმბათს, რომელიც შემოგარენიდან 4-5 მეტრით მაღლაა წამოწეული.

კინტრიშის ნაკრძალი 1956 წელს დაარსდა. კინტრიშის ნაკრძალის უმაღლესი სოფელია ხინო. ნაკრძალის ტერიტორიაზე მდებარეობს XV საუკუნის ეკლესია. დაბლობის ტრადიციულ "საზღვაო ტურიზმს" და სანაპიროს მსოფლიოს უნიკალური "პერკოლაციური ტორფნარების ეკოტურიზმს", "სამთი ტურიზმიც" დაემატა.

მტირალას ეროვნული პარკი, რომლის უმაღლესი მწვერვალის მტირალას სიმაღლე 1334 მ-ა ზღვის დონიდან, მუდამ ნისლიანი და ნოტიონ კლიმატით გამოირჩევა. აქ ადრე 60-იან წლებში ბუნებრივი მშვენიერებით გამორჩეული ეკოსისტემების დაცული ტერიტორია და დასასვენებელი ადგილი "ცისკარა" იყო. ბუნებაში ძნელად თუ მოიძებნება ბუნების ისეთი უნიკალური ბიომრავალფეროვნება, როგორც მტირალისთვისაა დამახასიათებელი, რასაც განსაზღვრავს ის, რომ კოლხეთი გამყინვარების პერიოდში უძველესი ფლორის თავშესაფარი იყო. აქ იზრდება მსოფლიოში ცნობილია ერთობა "შქერიანის" წარმომადგენლები როგორიცაა: სმირნოვის, პონტოს, კავკასიისა და უნგერნის შქერები. იზრდება საქართველოს ფლორის უმნიშვნელოვანესი ენდემი-ორფანდინეზია. მხოლოდ "ნამწვავისწყლის" ხეობის სათავე წარმოადგენს ამ მცენარის გავრცელების ვიწრო ეკოლოგიურ ნიშას. ტყეში იზრდება უძვირფასესი ურთხელი, ბერძნული კაკალი, ასწლოვანი კოლხური ბზები, წაბლი, წიფელყ, რცხილა და ”წითელი წიგნის” ბინადარი ფლორის სხვა იშვიათი და ქრობადი სახეობები. მაგალითად, როგორიცაა კავკასიური იორდასალამი, აქვეა ფურისულას ორი სახეობა : პრიმულა მეგასეიფოლია და პრიმულა სიბტორპიი. მრავალი უცხოელი მეცნიერი დაინტერესებულა მტირალასა და  ნამწვავისწყლის ხეობის ფიტოცენოზური, გარემოსდაცვითი და სხვა მეცნიერული კვლევებით. აქ ბინადრობს მურა დათვი, გარეული ღორი, არჩვი, შველი და სხვა.

მდინარის სათავეებში და ცოტა ქვემოთ, წყალში ცხოვრობს მთის კალმახი, მდინარის ქაშაყი, რომლებიც იშვიათობას წარმოადგენენ და აჭარისა და საქართველოს "წითელ წიგნის" ბინადრები არიან. მთა "მტირალა"-ს პარკის ჩამოყალიბების ერთ-ერთი მთავარი მიზანია ავტონომიურ რესპუბლიკაში ეკოტურიზმის განვითარება.

აჭარის დაცული ტერიტორიების და საერთოდ მისი ბუნება ხასიათდება უნიკალური ბიომრავალფეროვნებით. აქ არსებული კოხეთის ფლორა გამოირჩევა არა მარტო უძველესი ელემენტების სიმრავლით, არამედ მათი სიცოცსხლის ნირითაც. შავი ზღვის სანაპირო ზოლის, ჭარბტენიანებისა და ხავსიანი ტორფნარები მდიდარია კოლხეთის, აჭარა-ლაზეთის ენდემებითა და რელიქტებით, როგორიცაა: მრგვალფოთოლა მწერიჭამია დროზერა, მედვედევის რამფიკარპა, კოლხური და მალეევის წყლისნ კაკალი, ოთხფოთოლა მარსილეა, სამეფო გვიმრა, ჯადვარები, მანანა ჩვეულებრივი, თეთრი და ყვითელი დუმფარა, იმერული და ჰართვისის მუხები, ფაუნიდან აღსანიშნავია ჭაობის კუ, მცირე აზიური და ჩვეულებრივი ტრიტონი. შავი ზღვის სანაპირო ზოლი და მიმდებარე ჭარბტენიანი ადგილები წარმოადგენენ მნიშვნელოვან ადგილს მიგრირებადი, მიმომფრენი და მობუდარი ფრინველებისათვის. აქ გვხდევა არწივი, შევარდენი, ძერა, ტყის ქათამი, შურთხი, შაშვი. შავ ზღვაში ბინადრობენ: დელფინები: აფალინა და ქაცვიანი ზვიგენი (კატრანი), ქაცვიანი სკაროსი (ზღვის მელა), ზღვის კატა, სვია. მდინარეებში გვხდება: ჯარღალა, თართი ანუ კოლხური ზუთხი, ატლანტიკური ზუთხი (ფორეჯი), ორაგული და სხვა. ისინი 1997 წლიდან რამსარის კონვენციის დაცულ ტერიტორიებს წარმოადგენენ. მაღალი მთების ეკოსისტემა გამოირჩევა პონტოს შქერის, ბზისა და ბაძგის ხისმაგვარი ფორმებისა და 20 მეტრამდე სიმაღლის წვავის ხეებით. Mმარადმწვანე უთხოვრის, მუხის, სოჭის, ფიჭვის, ლაფანის, წიფლის, წაბლის, ცაცხვის და რცხილის ბუმბერაზი ხეები და მათში დახლართული მძლავრი კოლხური სურო, აგრეთვე აკალღიჯი, ღვედკეცი და კატაბარდა მცენარეულობას მეტად მდიდარ და თავისებურ იერს აძლევს. მაღალი სინოტივის გამო ტყეებში ხშირად გვხდება ხეებზე ეპიტაფიურად მოზარდი ხავსები, გვიმრები, ბალახოვნები და ბუჩქებიც კი. მცენარეულობა ზონალობის მიხედვით ასე ნაწილდება: ტყის მცენარეულობა, სუბალპური და ალპური სარტყელი: დაბალი ბუჩქნარები, ხალიანი მდელოები, ქვანაშალების მცენარეულობა. იგი განვითარებულია მეფისწყაროს კალთაზე, რომელიც ნაკრძალის უმაღლესი (ზ.დ. 2850 მ) მწვერვალია. მრავლადაა პირველყოფილი, ადამიანის მიერ თითქმის ხელუხლებელი ნაძვნარი, სიჭნარი და ნაძვნარ-სოჭნარი კორომები. ცხოველთა სამყარო: მდიდარია ცხოველებითა და ფრინველებით. დათვი, ფოცხვერი, შველი, კურდღელი, მაჩვი, კვერნა, მელა, ციყვი, გარეული ღორი. მთის ზედა სარტყელში გვხდება მთის არწივი, მცირე კავკასიონის ენდემიც-კასპიური შურთხი. თევზებიდან არის კალმახი, ამფიბიებიდან მცირეაზიური ტრიტონი, კავკასიური სალამანდრა.